最大のちがいは会社の規模感です。それによって、それぞれのメリット・デメリットが見えてきます。
ハウスメーカーは会社の規模が大きいため、社会的な信用があり倒産の懸念も少ないと思われます。また、各種サポート体制が充実しています。一方で、価格が高めであることや、営業〜建築の現場までが分担制の引き継ぎ体制であることは懸念事項になるでしょう。
工務店は規模が小さいため、価格はハウスメーカーよりも低く、設計の自由度も高くなります。地域密着型で横のつながりも強く、コミュニケーション面での安心感もあるでしょう。一方で、少人数であるため完成まで時間を要したり、税制や資金計画における提案力、アフターサービスが弱い場合があります。